为探索软件学院硕士培养新模式，进一步提高软件学院硕士的培养质量和水平，学院从2011年开始推出“卓越工程师计划创新基地项目”：以产学研结合为培养模式，由浙大具有丰富工程项目实践经验、领导大型项目的教师担任研究生导师，由导师科研项目合作企业提供工程实践和实习机会。进入创新基地的学生免交学费，学费由合作企业支付，学习年限延长至2.5学年。拟录取的全日制研究生和非全日制非定向生均可以申请，由项目组和学生进行双向选择。具体介绍和申请步骤请查看学院网站—“招生信息”—“创新基地”。